답변해주신 글 정독했습니다. 제 설명이 조금 부족했던것 같습니다..
저는 통장잔액에 대해서 초점을 맞춰 관리를 하다보니 어려운 부분이 있어서 그런것 같습니다.

매출대금은 수수료를 제외한 금액으로 입금되기도 하고 PG사별로 수수료가 다르기 때문에
정산대금 자체를 입금전표로 잡아서 통장잔액만 맞추는 기능으로 사용을 했습니다.
설명대로면 정산대금을 매출로 잡고(수수료 공제전 금액) 수수료는 매입으로 잡으라는 말씀이신것 같네요.

출금매입이 이중으로 합계가 된다는 것은, 예를 들면 통신비가 37,400원 출금되었는데 해당 거래는 세금계산서 발행이 되는 건이라 매입전표에도 하나 똑같이 입력을 했는데 이중으로 합계가 되어서 문의를 드렸던건데 설명이 헷갈리게 되었나보네요 ㅠㅠ 달아주신 설명대로라면 37,400원은 세금계산서 발행 거래이므로 매입전표로 입력을 하는게 맞다 라는 내용으로 이해했습니다.

빠른 답변 주셔서 감사합니다.