제가 유학원에 대한 경험이 없지만 생각을 말씀드리겠습니다.

1번은 [매출]입니다.
유학원의 주 수익이 고객들의 유학과 관련된 각종 수수료이므로 '매출'입니다.

2번 역시 [매출]입니다.
학생측이 아닌 해외학교에서 받은 커미션 역시 유학원을 운영하기 위한 중요한 수입입니다.
당연히 [매출]이지요.

[매출]이라는 계정과목은 회사의 업종에 따른 주 수입원에 대한 계정과목입니다.
도소매이면 상품판매가 매출이고, 서비스업은 무형의 서비스 제공이 매출, 제조는 생산한 제품판매가 매출, 운송업은 요금수입이 매출입니다.
그러니 위 질문 1,2번은 모두 유학센터의 주수입과 관련이니 '매출'이 맞을 것 같습니다.

매출에도 판매 상품에 따라 부가세가 붙는 매출이 있고, 비과세인 매출도 있습니다.
2번에서 영세율 처리된 매출이라면 세액 란에 별도로 금액을 입력하지 않을 뿐 둘 다 '매출'로 생각합니다.

1번 매출과, 2번 매출을 구분해서 관리하고 싶으면 계정과목 관리에서 2번 해외 커미션 관련 매출을 '매출'에 대한 자식계정으로 추가해서 예를들어 '해외매출' 같은 계정을 추가해서 사용하면 매출 종류별 관리를 하실 수 있을 것 같네요.