총 75 중 50 은 매출, 5는 부가세예수금이 확실한데 20은 저도 궁금하네요.
우리의 비용이면 '지급수수료'가 될것 같은데, 이건 우리의 비용이 아니고 거래처의 비용이잖아요.
거래처에 세금계산서를 발행해 줄 때 20 에 대해 별도의 계산서를 발행한다면 '매출'이 될것이고,
55 만 세금계산서를 발행한다면 20 은 특허청에 납부를 할 때는 '선급금'계정으로 하고, 나중에 거래처에서 받을 때 이 20 을 다시 '선급금'으로 처리하면 될것 같습니다.

대체전표로 설명하면..

1) 특허료 20를 납부할 때..
차)선급금 20 / 대) 보통예금 20

2) 거래처에 청구할 때..
차)외상매출 55 / 대)매출 50 부가세예수금 5

3) 거래처에서 75 받을 때..
차) 보통예금 75 / 대) 외상매출 55 , 선급금 20

알찬회계에 위 거래를 입력하면서 거래처를 모두 같은 거래처로 하면 계정과목과 거래처의 잔액까지 모두 맞출 수 있을 것입니다.

그런데 프로그램 기능 이외의 회계.분개관련은 저희도 전문가가 아니므로 정답이 아닐 수 있습니다.
담당 세무사사무실에 한 번 확인해 보세요.

그런데 위 업무 같은 경우 청구해서 먼저 돈을 받은 다음에 일을 하지 않나요?
돈을 받지 않으면 일을하지 않을것 같아서...
그렇다면 아래와 같이 하면 될 것 같습니다.

1) 청구한 75 를 받을때...
차)보통예금 75 / 대) 선수금 75

2) 20 대납하고, 55에 대해 세금계산서 발행할때..
차)선수금 75 / 대) 보통예금 20, 매출 50, 부가세예수금 5